Struktur PKES terdiri dari:

1. KONVENSI NASIONAL ANGGOTA (KNA)
1. Konvensi Nasional Anggota atau KNA adalah forum musyawarah anggota PKES sebagai organ tertinggi dalam struktur organisasi PKES yang berfungsi menentukan arah dan kebijakan organisasi.
2. KNA diselenggarakan 1 (satu) kali dalam 3 (tiga) tahun.
3. Konvensi Nasional Anggota Luar Biasa atau KNA-LB adalah KNA yang diselenggarakan di luar jadwal KNA.
4. Konvensi Nasional Anggota (KNA) dipimpin oleh presidium sidang yang dipilih dan ditetapkan oleh KNA.
5. Konvensi Nasional Anggota adalah sah jikalau dihadiri oleh lebih dari ½ (satu perdua) jumlah anggota PKES yang hadir atau diwakili dalam rapat.
6. Semua keputusan-keputusan dalam Konvensi Nasional Anggota diambil dengan cara musyawarah dan mufakat dengan berdasarkan Al-Qur’an dan Hadist. Apabila tidak tercapai mufakat, maka akan diadakan pemungutan suara dan keputusan diambil atas dasar suara terbanyak.
TUGAS DAN KEWENANGAN KONVENSI NASIONAL ANGGOTA (KNA)
Tugas dan kewenangan Konvensi Nasional Anggota (KNA) adalah:
a. Menetapkan, mengesahkan dan/atau mengubah Anggaran Dasar.
b. Menetapkan dan/atau mengesahkan Anggaran Rumah Tangga.
c. Menetapkan dan Mengesahkan Garis Besar Kebijakan Program Kerja (GBKPK) dan Rancangan Anggaran Kerja (RAK) yang disiapkan oleh Dewan Pengurus.
d. Memilih, menetapkan, dan/atau memberhentikan Ketua Dewan Pengurus.
e. Menetapkan unsur-unsur Dewan Penasehat
f. Menetapkan iuran anggota.
g. Menerima atau menolak Laporan Dewan Pengurus.
h. Melakukan evaluasi atas pelaksanaan tugas Dewan Pengurus.
2. DEWAN PENASEHAT
1. Dewan Penasehat adalah organ dalam struktur organisasi PKES yang terdiri dari unsur-unsur Bank Indonesia, Departemen Keuangan, Kementerian BUMN, Departemen Agama, Departemen Koperasi dan UKM, Depkominfo, Dewan Syariah Nasional (DSN), Badan Amil Zakat Nasional (BAZNAS), Badan Wakaf Indonesia (BWI) dan unsur-unsur lain yang ditetapkan oleh KNA.
2. Dewan Penasehat yang berasal dari unsur Bank Indonesia secara Ex. Officio dijabat oleh Deputi Gubernur yang membidangi Direktorat Perbankan Syariah.
3. Dewan Penasehat yang berasal dari unsur Departemen Keuangan, Kementerian BUMN, Departemen Agama, dan Departemen Koperasi dan UKM, dipilih dari pejabat minimal setingkat eselon satu yang ditunjuk oleh Pimpinan Departemen.
4. Dewan Penasehat yang berasal dari Dewan Syariah Nasional (DSN), Badan Amil Zakat Nasional (BAZNAS), Badan Wakaf Indonesia (BWI) secara Ex. Officio dijabat oleh Pimpinan tertinggi masing-masing lembaga.
5. Dewan Penasehat yang dipilih terlebih dahulu memberikan pernyataan kesediaan untuk menjabat.
6. Posisi Ketua Dewan Penasehat dapat dipilih berdasarkan kesepakatan Anggota Dewan Penasehat.
TUGAS DAN KEWENANGAN DEWAN PENASEHAT
Tugas dan kewenangan Dewan Penasehat:
a. Menghadiri rapat Dewa Penaseat yang diselenggarakan minimal 1 (satu) kali dalam setahun.
b. Memberikan nasehat baik diminta maupun tidak diminta kepada Dewan Pengurus yang berkaitan dengan program kerja jangka pendek dan menengah.
3. DEWAN PENGURUS
1. Dewan Pengurus adalah organ dalam struktur organisasi PKES yang berfungsi sebagai mandataris dari KNA, dengan masa bakti 3 (tiga) tahun dan dapat diangkat kembali untuk maksimal 2 (dua) kali masa bakti.
2. Dewan Pengurus dipimpin oleh seorang Ketua Umum.
3. Ketua Umum Dewan Pengurus dipilih, ditetapkan dan disahkan oleh KNA.
4. Dewan Pengurus memilih dan menetapkan Dewan Penasehat yang telah direkomendasikan oleh KNA.
5. Ketua Dewan Pengurus memilih dan menetapkan ketua-ketua Dewan Pengurus.
6. Dewan Pengurus bekerja secara sukarela tanpa menerima hak remunerasi dan/atau tunjangan tetap.
7. Dewan Pengurus tidak dapat merangkap menjadi Dewan Penasehat.
8. Keanggotaan Dewan Pengurus berakhir karena:
a. meninggal dunia;
b. dinyatakan pailit atau ditaruh dibawah pengampuan;
c. diberhentikan berdasarkan keputusan Konvensi Nasional Anggota;
d. telah berakhir masa jabatannya;
e. mengundurkan diri.
TUGAS DAN KEWENANGAN DEWAN PENGURUS
Tugas dan wewenang Dewan Pengurus adalah:
a. Dewan Pengurus bertugas melaksanakan kepengurusan demi tercapainya maksud dan tujuan PKES dengan memperhatikan ketentuan Anggaran Dasar, Anggaran Rumah Tangga, dan Peraturan Perundang-undangan yang berlaku.
b. Merancang, menyusun dan mengusulkan Garis Besar Kebijakan Program Kerja (GBKPK) dan Rancangan Anggaran Kerja (RAK) kepada KNA untuk disahkan.
c. Melaksanakan program kerja yang telah disahkan oleh KNA dan mengacu pada ketentuan yang berlaku dalam AD/ART dan hukum lainnya.
d. Melaporkan kepada KNA meliputi laporan pelaksanaan program kerja dan laporan keuangan.
e. Memilih, Mengangkat dan/atau memberhentikan Direktur Eksekutif.
f. Mencari dana yang bersumber dari para donatur maupun usaha-usaha yang sah.
g. Dalam melaksanakan tugas dan wewenang tersebut di atas dapat mendelegasikan kepada Direktur Eksekutif.
h. Dewan Pengurus menentukan remunerasi yang akan diterima oleh Direktur Eksekutif.
i. Dewan Pengurus melaksanakan Rapat Kerja Tahunan (RKT) untuk menyusun, membahas, dan melaporkan Program Kerja Tahunan.
RAPAT KERJA TAHUNAN
1. Rapat Kerja Tahunan (RKT) adalah forum musyawarah Dewan Pengurus dan Anggota PKES yang berfungsi menentukan Program Kerja Tahunan.
2. Rapat Kerja Tahunan (RKT) diselenggarakan 1 (satu) kali dalam 1 (satu) tahun.
3. Rapat Kerja Tahunan (RKT) dipimpin oleh Ketua Umum Dewan Pengurus Pusat Komunikasi Ekonomi Syariah (PKES).
4. Rapat Kerja Tahunan (RKT) adalah sah jikalau dihadiri oleh lebih dari ½ (satu perdua) Dewan Pengurus dan ¼ (satu perempat) Anggota PKES.
5. Semua keputusan dalam Rapat Kerja Tahunan (RKT) diambil dengan cara musyawarah dan mufakat.
TUGAS DAN KEWENANGAN RAPAT KERJA TAHUNAN (RKT)
1. Menyusun dan mengesahkan Program Kerja beserta Anggaran Tahunan.
2. Menyusun Laporan Keuangan Tahunan.
3. Mengesahkan anggota baru PKES.
TAHUN BUKU
1. Tahun buku PKES ditetapkan 1 (satu) Januari sampai dengan 31 (tiga puluh satu) Desember.
2. Laporan Keuangan wajib disusun oleh Dewan Pengurus untuk dipertanggungjawabkan dalam KNA.
3. Hal-hal lain sehubungan dengan laporan keuangan diatur lebih lanjut dalam Anggaran Rumah Tangga.
ANGGARAN RUMAH TANGGA
1. Pelaksanaan ketentuan dalam Anggaran Dasar diatur lebih lanjut dalam Anggaran Rumah Tangga.
2. Anggaran Rumah Tangga dan perubahannya ditetapkan dan disahkan oleh KNA.
PERUBAHAN ANGGARAN DASAR
1. Dewan Pengurus dapat mengusulkan perubahan Anggaran Dasar melalui KNA.
2. Perubahan Anggaran Dasar hanya dapat dilakukan melalui keputusan KNA.
3. Keputusan untuk merubah Anggaran Dasar hanya sah jika KNA dihadiri dan/atau diwakili oleh sekurang-kurangnya 1/2 (setengah) jumlah anggota PKES ditambah 1 (satu) anggota dan disetujui oleh sekurang-kurangnya 2/3 (dua per tiga) anggota PKES yang hadir dan/atau diwakili.
PEMBUBARAN PKES
1. Usulan pembubaran PKES wajib disampaikan kepada Dewan Penasehat.
2. Pembubaran PKES hanya dapat dilakukan melalui keputusan KNA.
3. Keputusan pembubaran PKES adalah sah jika dalam Konvensi Nasional Anggota hadir atau diwakili paling sedikit ¾ (tiga perempat) dari jumlah seluruh Anggota PKES, Dewan Pengurus, dan Dewan Penasehat.
KETENTUAN PENUTUP
1. Hal-hal yang belum atau tidak diatur dalam Anggaran Dasar ditetapkan dalam Anggaran Rumah Tangga yang ditetapkan oleh Konvensi Nasional Anggota.
2. Anggaran Dasar mulai berlaku sejak tanggal ditetapkan.



